Il santuario sorge sull’omonimo scoglio nelle vicinanze del comune di Tropea. È probabile che lo scoglio dell'isola fosse abitato, intorno al VII-VIII secolo, da eremiti. Questi, isolandosi dal mondo civile, si dedicavano ad una vita contemplativa e ascetica. Le prime indicazioni scritte dell’uso dello scoglio per finalità monastiche risalgono all'XI secolo, tutto ciò che è precedente deve essere considerata come ipotesi storica.[senza fonte] Per molti anni appartenne ai monaci basiliani e a partire dall'undicesimo secolo vi abitarono i monaci Benedettini. Fu proprio Roberto il Guiscardo, il duca normanno, a volere il passaggio dal rito greco a quello latino, intorno al 1060. In seguito ai terremoti del 1783 e del 1905, si conserva ben poco della struttura originaria. La scala che si percorre per raggiungerla è stata realizzata intorno al 1810.

Divenuta uno dei luoghi simboli della Calabria a livello mondiale, questa chiesa è di origine medievale.

Leggenda della chiesa di Santa Maria dell'Isola Modifica
Anche sulla chiesetta di Santa Maria dell'Isola esiste una leggenda che narra di come la vergine giunse nel paesello. Al tempo dell'iconoclastia, una statua della Vergine giunse a Tropea proveniente dall'Oriente. Il popolo scese al lido, insieme al vescovo e al sindaco per festeggiare l'arrivo della statua in legno della Madonna. I due capi del paese decisero, di comune accordo, di installare la statua della Madonna all'interno di una nicchia, in una grotta naturale, presente nello scoglio della rupe. La statua, purtroppo, risultava troppo grande rispetto alla grandezza della nicchia. Fu per questo motivo che i capi della comunità convocarono un falegname affinché risolvesse il problema, segando le gambe della Madonna.

Ma il falegname, appena appoggiò la sega sulla statua, rimase paralizzato alle braccia, mentre il sindaco e il vescovo morirono in quell'istante. Nei giorni a seguire la Madonna iniziò a graziare il suo popolo, compiendo atti miracolosi per gli ammalati che venivano condotti, dove venne posata la Madonna. Fino ad alcuni decenni fa, i devoti erano soliti accompagnare i loro cari ammalati nello stesso punto della grotta, nella speranza di una grazia